U ranokršćanskoj Puli benediktinci su prisutni od 6. st. u četiri samostana, od kojih je onaj na brdu svetoga Martina najveći (danas je to predio bolnice).

Uništen je u 19. stoljeću. U 13. st. razvila se nova Pula na kaptolskom brdu na kojem su Sergijevci izgradili kaštel, a franjevci samostan i crkvu sv. Franje.

Franjevačko je zdanje podignuto u „elitnom“ dijelu grada, koje se nalazi na pola puta od Foruma do kaštela. Današnja je adresa samostana i crkve Uspon sv. Franje Asiškoga 9 i pripada katedralnoj župi, piše Glas Koncila.

Prema predajama franjevci su prisutni u Puli od 1235., a samostan je osnovao sv. Antun Padovanski 1227. (kako je navedeno na spomenploči samostana iz g. 1991.).

Franjevački je red utemeljio sv. Franjo usmenim pristankom pape Inocenta III. godine 1210. Crkva sa samostanom izgrađena je na mjestu nekadašnjega antičkoga lokaliteta, na kojem se kasnije nalazila crkva sv. Ivana Krstitelja (porušena je nakon požara u 17. st.).

Na kapitulu u Narboni 1260. donesena su pravila o izgradnji franjevačkih samostana i crkava, prema kojima su 1270. izgrađeni pulski objekti.

U to su vrijeme Istrom vladali akvilejski patrijarsi (1213. – 1331.), koji su i potaknuli dolazak franjevaca u Pulu. Gradnja monumentalne crkve pripisuje se pulskomu majstoru fra Jakovu, koji se u izgradnji koristio naslijeđem antičkoga i romaničkoga, a upotrijebio je nova iskustva gotičkoga graditeljstva s pravilnim komadima tesanoga kamena.

O Jakovu Puljaninu danas se malo zna, no njegovo je ime trajno povezano s Pulom i Padovom. Ovaj franjevac imao je važnu ulogu u izgradnji glasovite bazilike sv. Antuna u Padovi te se u dokumentu iz 1302. godine spominje kao njezin arhitekt odnosno nadglednik radova tijekom završnih desetljeća gradnje.

Pulski franjevci navode „ako se predaja (ili legenda) o sv. Franji Asiškome kao osnivaču samostana prepričavala i tako proširivala u mnogim dalmatinskim mjestima, najstariji su franjevački samostani u Istri njegovali predaju da je neke od njih osnovao sv. Antun Padovanski.“ 

Tako su po nekim zapisima, koji ipak ne pripadaju starijem razdoblju franjevačke povijesti, tradiciju o sv. Antunu osnivaču prenosili samostani u Trstu, Poreču i Puli.

Sve do 1239. godine, kad je izvršena preraspodjela provincija, istarski franjevački samostani pripadali su Lombardskoj provinciji, ili još preciznije, Trevizanskoj Marki, a od spomenute godine svi oni čine dio nove Sklavonske provincije, koja se protezala od Trsta na sjeveru do Drača na jugu.

Pulski samostan sv. Franje osnovan je na mjestu stare bazilike iz vremena prvih kršćana, što svjedoči i rimski mozaik otkriven poslije Drugoga svjetskog rata, kada su se otkopavale ruševine sjevernog krila samostana kao posljedice bombardiranja savezničkog zrakoplovstva.

Također, ako je vjerovati franjevačkom povjesniku Waddingu, u pulskom samostanu je 1241. godine preminuo bl. Oton iz Pule, poznat po kreposnom životu i milosnim zagovorima. Prema nekim drugim franjevačkim izvorima bl. Oton bi bio Teutonac, dakle njemačkog podrijetla.

Zbog toga neki zaključuju da je u Istru eventualno mogao doći sa sv. Antunom, kao njegov pratitelj, i ostao ovdje osnivati samostane po odlasku Padovanskog Čudotvorca.

A ako je 1241. godine bl. Oton u Puli već umro, onda je pulski franjevački samostan neupitno osnovan svakako prije te godine, pa spada u red najstarijih naših samostana na istočnoj obali Jadranskog mora.