Franjevački muzej u Vukovaru, mjesto koje je objedinilo riznicu s vrijednim umjetničkim blagom, galeriju slika starih majstora te knjižnicu raritetnih knjiga, opremljen je u sklopu obnovljenog samostanskog kompleksa dodajući novi turistički potencijal Vukovaru i okolici.
Stvaranje zbirki kulturno povijesne i umjetničke građe započelo je povratkom franjevaca u Vukovar 1687. nakon oslobađanja toga područja od otomanske vlasti i trajalo je više od tri stoljeća. No, tragični događaji, razaranja i okupacija u velikosrpskoj agresiji na Vukovar i Hrvatsku od 1991. do 1996. potaknuli su potrebu za sustavnim prikupljanjem, valorizacijom, čuvanjem i prezentacijom muzejske građe, što je sada izvedeno uz pomoć Gradskog muzeja Vukovar, objavljeno je na službenim internetskim stranicama Franjevačkog samostana u Vukovaru.
S obnovom franjevačkog kompleksa, pored stambenog dijela i klauzure, otvorio se i prostor za muzej na dvije etaže u koji su uvršteni riznica s vrijednim umjetničkim blagom, galerija slika starih majstora te knjižnica raritetnih knjiga. Posjetiteljima je omogućen i pristup crkvi, kripti, zvoniku i klaustru, novoj knjižnici s čitaonicom te ostalim sadržajima poput vinoteke i suvenirnice, Pastoralnog centra sv. Bono te šetnice s pogledom na Dunav.
Ostvarenje projekta Integracija kulturne i povijesne baštine Franjevačkog samostana u turističku ponudu grada Vukovara započelo je 2017. uz sufinanciranje Fonda za obnovu i razvoj grada Vukovara te Središnje agencije za financiranje i ugovaranje programa i projekata Europske unije.
Ovim projektom Franjevački muzej s već posvećenom crkvom sv. Filipa i Jakova daruje novu dimenziju u bogatoj kulturnoj i povijesnoj baštini Vukovara.
Samostanska riznica
Samostansku riznicu, u kojoj su smješteni najvrijedniji primjerci umjetničkog obrta i umjetnina, čine tri cjeline: prva predstavlja zbirku liturgijskog posuđa i relikvijara od 16. do 20. stoljeća te slike Gospa od sedam žalosti. Drugu cjelinu čini liturgijsko ruho: misnice, pluvijal i dalmatika od 18. do početka 20. stoljeća. Treća cjelina posvećena je ostacima sarkofagarelikvijara i opreme patrona grada Vukovara, sv. Bone mučenika, te portret fra Josipa Jankovića, rođenog Vukovarca, čijom su zaslugom relikvije ovoga sveca 1754. donesene u Vukovar.
Galerija slika i skulptura
Unatoč velikim gubicima u ratnim godinama, požrtvovanošću pojedinaca spašena su značajna djela likovne umjetnosti koja su nekada činila bogatu i raznoliku zbirku franjevačkog samostana u Vukovaru. I danas, iako u manjem opsegu, ova zbirka pruža uvid u kontinuitet života i djelovanja franjevaca u gradu Vukovaru i okolici. Ona je svojevrsni dokument duhovnosti, kulture i umjetničkih strujanja. Ova povezanost grada i franjevaca leži u činjenici da franjevci od 1695. upravljaju glavnom i jedinom župom grada kroz više od 300 godina.
Samostanska knjižnica
Vukovarska samostanska knjižnica spada među najvrijednije stare knjižnice u Hrvatskoj. Na prvome mjestu vrijednih knjiga nalaze se inkunabule te knjige poznatih hrvatskih pisaca iz vremena do 1850., poznate pod nazivom Rarissima Croatica. Pohranjene su i strane rijetke knjige pisane u razdoblju do 1600., poznata djela iz 16. stoljeća, kao i nekoliko vukovarskih rukopisnih kantuala te knjiga Organum iz 18. stoljeća. Zbog iznimnih zasluga fra Marka Kurolta u spašavanju i očuvanju ovoga knjiškog blaga 1991., knjižnica danas nosi naziv: Knjižnica Franjevačkog samostana Vukovar fra Marko Kurolt.
Zid križeva
Mnogi hodočasnici koji pohode Franjevački samostan u Vukovaru na dar donose križeve iz svojih župa te se prilikom formiranja Franjevačkog muzeja izdvojio prostor za njihov postav. Iz spontane želje hodočasnika oblikovala se inicijativa za postav križeva iz svake župe u Hrvatskoj, s naznačenim imenom župe i mjesta na poleđini križa. Zid križeva na taj način, kao i sam Vukovar, predstavlja stradanje, ali i jedinstvo cijele Hrvatske.