Prvo zdanje podignuto je na mjestu mučeništva i grobu sv. Petra, jednog od dvanaestorice apostola i, prema katoličkoj tradiciji, prvog rimskog biskupa, a time i prvog Pape.
Prije 517 godina, temeljni kamen na kojem počiva današnje velebno zdanje, položio je 18. travnja 1506. godine papa Julije II. Među mnogim nacrtima Papa je odabrao projekt arhitekta Donata Bramantea želeći urediti Vatikan, na mjestu stare bazilike sv. Petra, koju je dao izgraditi rimski car Konstantin. Međutim, nakon samo nekoliko godina gradnja je zaustavljena zbog smrti Julija II. i Bramantea. Istodobno su se pojavili i financijski problemi, pa se sljedećih 20 godina ništa nije gradilo.
Mijenjali su se pape, a i graditelji i umjetnici od kojih se uvijek tražilo da projekt bude skromniji i jeftiniji. Kad je ustoličen papa Pavao III., rodom iz bogate i ugledne obitelji, naručio je od Michelangela Buonarottija nastavak započetog djela. Znameniti umjetnik, koji je tada imao 72 godine, nadmašio je Bramanteov projekt jasnoćom i ekonomičnošću. Stvorio je integrirani križ i jedinstveni interijer i projektirao veličanstvenu kupolu.
No, započetu gradnju nije završio. Bio je gotov samo temelj kupole ispod svodova. Novi papa, Siksto V., zatražio je od graditelja Giacoma della Porte, Michelangelova nasljednika i Domenica Fontane da poštuju rokove gradnje koje im je odredio. Štoviše, pobrinuo se i za bolji pristup novoj bazilici. Zamislio je veliki trg kojemu je Bernini dao današnji izgled. I, nakon 120 godina gradnje, šestorice papa, tada najznamenitijih i najboljih graditelja i umjetnika Italije, bazilika je zasjala u svom sjaju. Papa Urban VIII. posvetio je novu vatikansku baziliku u studenom 1626. Mnogo drugih velikih genija pridonijelo je tijekom stoljeća izgradnji te velebne crkve, u kojoj se predivno slijevaju različiti stilski i arhitektonski izrazi. Poznato je da je na obnovi kupole, koja je bila došla u opasnost da se sruši, radio i Ruđer Bošković.
Bazilika sv. Petra vjerojatno je najposjećenija i najveličanstvenija crkva na svijetu. U njoj se nalaze neprocjenjive vrijednosti umjetničkog i duhovnog sadržaja, znakovi dijaloga između čovjeka i Boga. Za izgradnju ovog hrama simbola kršćanstva uloženi su veliki novčani iznosi kao i ljudske snage. A u posljednje vrijeme zbog prevelikog broja posjetitelja provodi se i strogi nadzor. Tijekom cijele godine predviđene su vjerske i kulturne manifestacije kojima se nastoji vjernicima približiti značenje toga arhitektonskog velebnog zdanja, ali i središta kršćanstva.