U zimi 1880. godine, nedugo nakon preseljenja u palaču Akademije na Zrinjevcu 11, iz Narodnog doma u Opatičkoj ulici, Arheološki muzej je stradao u velikom potresu. Tzv. Veliki potres u Zagrebu 1880. godine  dogodio se 9. studenoga u 7 sati i 3 minute. Nastala je velika šteta na predmetima. Obližnja palača Vranyczany-Dobrinović, u kojoj je Arheološki muzej smješten danas, također je pretrpjela štetu te joj se nakon potresa promijenio izgled pročelja.

Na očevid je u 9 sati došao inženjer Lenuci te je zabranio ulazak u zgradu zbog velike opasnosti od urušavanja. U potresu su najviše stradali predmeti od keramike i stakla. „Mnogo je toga u drobne komade otišlo, tako da se popraviti nikako neda. Sbirka starogrčkih posuda ovom nesrećom lišena je najboljih komada, te tim je njena znanstvena vrijednost, ako se oni ne nadomjeste, silno pala“… napisao je Šime Ljubić, tadašnji ravnatelj, u konceptu dopisa Vladi koji se čuva u dokumentaciji Arheološkog muzeja u Zagrebu. Nakon saniranja štete, pri čemu su najveći trošak bile promjene staklenih stijenki ormara, Muzej je u svibnju 1881. godine ponovno otvoren za posjetitelje.

Palača baruna Dragana Vranyczany-Dobrinovića, izgrađena 1879. godine, a u kojoj je od 1945. godine smješten Arheološki muzej u Zagrebu, također je stradala u velikom potresu 1880. godine. Ostalo je zabilježeno kako je prije potresa kompozicija pročelja zgrade završavala balustradom s kipovima, koji su uklonjeni nakon velikog potresa, navedeno je u press informaciji iz tog zagrebačkog muzeja.