Fra Smiljan je na Papinskom sveučilištu Antonianum u Rimu 1968. godine postigao titulu magistra teologije. Bio je profesor na Franjevačkom filozofskom učilištu na Trsatu i na Visokoj bogoslovnoj školi u Rijeci kroz šest semestara, od 1969. do 1972.

Od 1972. do 1977. studira crkveno pravo na Papinskom sveučilištu Antonianum gdje postiže titulu doktora crkvenih pravnih nauka i gdje je od 1977. do 1988. bio profesor sakramentalnog prava. Objavio je opširnu knjigu na talijanskom jeziku o sakramentu ženidbe, pod naslovom “Evoluzione della dottrina circa l’essenza del matrimonio dal C.I.C. al Vaticano II.” Objavio je više članaka o sakramentalnom pravu u raznim časopisima. Godine 1977. papa Pavao VI. imenovao ga je braniteljem bračnog veza na Kongregaciji za sakramente, što je obnašao sve do povratka u Hrvatsku 1988. godine.

Zajedno sa slugom Božjim o. Aleksom Benigarom, fra Dragan Kožul vodio je pri Kongregaciji za svece postupak za proglašenje blaženim kardinala Alojzija Stepinca.

U domovinu se vratio polovicom 1988. te je imenovan za suca na drugomolbenom Nadbiskupskom ženidbenom sudu u Zagrebu i tu je službu obnašao do 1999., kada je za Zagrebačku metropoliju uspostavljen Međubiskupijski sud prvog i drugog stupnja, odnosno za sve sjevernohrvatske biskupije. Na tom sudu prvog stupnja obnašao je i službu branitelja veze.

U teškim trenucima Domovinskog rata, uz suradnju većeg broja svećenika, redovnika, redovnica i laika, fra Smiljan je osnovao Pokret krunice za obraćenje i mir. Pokret krunice je kardinal Franjo Kuharić odobrio za Zagrebačku nadbiskupiju dekretom od 28. listopada 1993., a sljedećih mjeseci odobrili su ga i svi ostali biskupi Hrvatske i Bosne i Hercegovine, osim mostarskog ordinarija Ratka Perića.

Osnivači Pokreta krunice za obraćenje i mir jednoglasno su predložili fra Smiljana za duhovnog ravnatelja, a imenovao ga je kardinal Franjo Kuharić. Budući da je Pokret krunice ustanovljen za ostvarenje duhovnog preporoda hrvatskog naroda, temeljna mu je zadaća ostvarenje zajedništva u molitvi na tu nakanu. U tu svrhu Pokret krunice tiska i dijeli promidžbene materijale i knjige. Tako su u milijunskoj nakladi tiskane brošurice za molitvu krunice Blažene Djevice Marije te za devetnicu i krunicu na čast Božjeg Milosrđa.

U osnivanju Pokreta veliku je ulogu ima fra Ante Katalinić. S njime je fra Smiljan bio u Svećeničkom marijanskom pokretu koji je osnovao don Stefano Gobbi. Fra Ante ga je podsjetio da je dio Austrije nakon Drugoga svjetskog rata pripao SSSR-u i Sovjeti su, u zoni koju su držali, prisilno uveli novi komunistički režim. Jedan franjevac Petar Pavlicek tada je imao nadahnuće da narod Austrije, kako bi se oslobodio ruske okupacije, organizira molitvu krunice i večernju procesiju svjetla, s nakanom povlačenja sovjetskih trupa iz Austrije. Deseci tisuća ljudi, uglavnom članova Pokreta molitelja krunice, hodali su u procesiji Bečkim Prstenom – znamenitom ulicom u povijesnoj jezgri grada, moleći krunicu uz upaljene svijeće od čuvene Zavjetne crkve (Votivkirche) do franjevačkog samostana. Taj događaj potaknuo je fra Smiljana Kožula na osnivanje Pokreta krunice za obraćenje i mir u vrijeme Domovinskog rata u Hrvatskoj.

Fra Smiljan Dragan Kožul osnovao je, uz suradnju svojih najbližih suradnika iz Pokreta krunice, i radijsku postaju Radio Mariju, početkom ožujka 1994., a kardinal Franjo Kuharić izdao je dekret odobrenja 11. ožujka iste godine. Radio Marija ostvarila je njegov san o krugovalnoj postaji koja će u Hrvatskoj neumorno promicati “kršćanski glas u obiteljskim domovima”. Svoje dugogodišnje iskustvo suradnje na Radio Vatikanu i na RAI prenio je na Radio Mariju.

U vrijeme komunizma na talijanskom državnom radiju fra Smiljan je bio punih 10 godina urednik emisije na hrvatskom jeziku, koja je građane nekadašnje Jugoslavije informirala o cjelokupnom kulturnom, političkom i religioznom životu u slobodnom svijetu. Od 2000. godine stalni je suradnik na Hrvatskom katoličkom radiju kao autor emisije “Iz Katekizma Katoličke Crkve”, sustavno prikazujući taj temeljni dokument katoličke vjere te teološke emisije „Na putu u Emaus”. Vrlo često drži seminare za unutarnje oslobođenje i iscjeljenje u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini te u Austriji, Njemačkoj i Švicarskoj.

U povodu 50. obljetnice svećeništva fra Smiljan je rekao: “Zahvalan sam Trojedinom Bogu, Ocu, Sinu i Duhu Svetom za sve milosti koje su vodile moj svećenički život, zatim svima vama dragi prijatelji koji ste me na tom putu pratili svojim molitvama”.

Nakon 50 godina svećenstva fra Smiljan je i dalje vodio čak tri molitvene zajednice, tjedne susrete i nekoliko duhovnih obnova mjesečno, kao i najpoznatiju posljednju srijedu u mjesecu na kojoj se skupi i nekoliko tisuća ljudi. Kad se govori o pateru Smiljanu i plodovima njegova svećenstva, mnogi ističu da je bio egzorcist te njegovu službu ozdravljanja i oslobađanja.