Kardinal Joseph Ratzinger izabran je za nasljednika pape Ivana Pavla II. na konklavi 19. travnja 2005. godine. Papinsku inauguracijsku misu slavio je 24. travnja, kada mu je predan palij i Ribarev prsten. U posjed svoje katedralne crkve velike bazilike Sv. Ivana Lateranskog stupio je 7. svibnja.
Za svoje papinske službe imao je 24 inozemna putovanja. Prvo je bilo u Koeln u Njemačkoj za Svjetski dan mladih u kolovozu 2005. Posljednje putovanje bilo je u Libanon u rujnu 2012. Hrvatsku je pohodio u lipnju 2011. u prigodi Prvoga nacionalnog dana katoličkih obitelji. Osim europskih zemalja, posjetio je i Latinsku Ameriku, Afriku, Bliski istok, SAD i gostovao u Ujedinjenim narodima. Također je trideset puta pastoralno putovao unutar Italije.
Prvu encikliku “Deus caritas est” objavio je na Božić 2005, a drugu “Spe salvi” 2. studenoga 2007. Treću “Caritas in veritate” 29. lipnja 2009. U studenome 2012. završio je svoju trilogiju o životu i učenju Isusa Krista “Isus iz Nazareta”.
Papa Benedikt XVI. napisao je 4 postsinodske apostolske pobudnice “Sacramentum Caritatis”, o euharistiji, izvoru i vrhuncu života i poslanju Crkve, u veljači 2007.; “Verbum Domini”, o Riječi Božjoj u životu i poslanju Crkve, u rujnu 2010; “Africae Munus” o Crkvi u Africi u studenome 2011. te “Ecclesia in Medio Oriente” o Crkvi na Bliskom istoku u rujnu 2012.
Na Svjetski dan bolesnika, 11. veljače 2013. Benedikt XVI. kardinalima okupljenima na konzistoriju u Vatikanu objavio je odreknuće od papinske službe: „U današnjem svijetu, izloženom brzim promjenama i potresanom veoma važnim pitanjima za život vjere, za upravljanje lađom svetog Petra i naviještanje evanđelja potrebni su također tjelesna i duševna snaga, koja se, posljednjih mjeseci, kod mene smanjila tako da moram priznati da nisam više sposoban dobro vršiti povjerenu mi službu. Zbog toga, duboko svjestan težine ovoga čina, u punoj slobodi, izjavljujem da se odričem službe Rimskog biskupa, nasljednika svetog Petra, koju su mi 19. travnja 2005. povjerili kardinali, tako da će od 28. veljače 2013., u 20 sati, stolica Svetog Petra biti upražnjena i morat će se sazvati – od strane onih kojima je to zadaća – konklave za izbor novog pape.
U svom posljednjem nedjeljnom Angelusu hodočasnicima okupljenima 24. veljače na vatikanskom trgu Benedikt XVI. rekao je: “Gospodin me zove ‘uspeti se na goru’, da se još više posvetim molitvi i razmatranju. Ali to ne znači napustiti Crkvu, štoviše, ako to Bog traži od mene to je upravo zato da joj mogu nastaviti služiti s istim predanjem i ljubavlju kojom sam to činio do sada, ali na jedan način koji više odgovara mojoj dobi i mojim snagama”.
Papa u miru Benedikt XVI. trenutno boravi u vatikanskom samostanu “Mater Ecclesiae”.