Te su duhovne vježbe utisnule u njegov vjerski život snažni liturgijski pečat. Svoje dojmove o tim duhovnim vježbama bl. Ivan detaljno je opisao u svome Dnevniku 5. travnja 1920.
Bl. Ivan Merz u posljednjem periodu svoga života, tj. za vrijeme svoga aktivnog djelovanja u Zagrebu nakon završenog studija u Parizu, bio je usko povezan s isusovcima. Bazilika Srca Isusova u Palmotićevoj ulici bila je središte njegova duhovnog života. Tu je dolazio svakodnevno na sv. misu i sv. pričest. Ovdje je imao i svoga duhovnika i ispovjednika u osobi patra Josipa Vrbaneka kojega je svaki tjedan posjećivao. U Bazilici je obavljao svoje godišnje duhovne vježbe. Tu je bio član Marijine Kongregacije u kojoj je vršio službu tajnika. Tu je pohađao i dvogodišnji tečaj kršćanske filozofije i teologije pod vodstvom p. Antuna Alfirevića, donosi mrežna stranica ignacije.hr.
Kada se bolje analizira duhovni život bl. Ivana Merza, vidjet će se da je on živio ignacijevsku duhovnost. Osim svakodnevne Euharistije obavljao je dnevno razmatranje te egzamen, kako to spominje u svojim duhovnim bilješkama. No najvažnije sredstvo za napredak u duhovnom životu za bl. Merza bile su ignacijevske duhovne vježbe koje je počeo obavljati još kao student. Još dok je bio u Beču na studiju, obavio je Ivan u Velikom tjednu 1920. godine duhovne vježbe u samostanu Moedlingu kraj Beča.
Za vrijeme duhovnih vježbi Ivan je činio i odluke koje je na kraju razmatranja zapisivao
Te su duhovne vježbe utisnule u njegov vjerski život snažni liturgijski pečat. Svoje dojmove o tim duhovnim vježbama bl. Ivan detaljno je opisao u svome Dnevniku 5. travnja 1920. Za vrijeme studija u Francuskoj, početkom mjeseca srpnja 1921. godine Ivan je pošao u mjesto Clamart kraj Pariza, gdje je pod vodstvom isusovaca u tamošnjem Domu duhovnih vježbi “Manresa” obavio duhovne vježbe. Iz tih dana sačuvala nam se posebna njegova bilježnica u kojoj je na francuskom zapisivao razne misli iz razmatranja koja je ondje obavljao. Dolaskom u Zagreb nastavio je s tom praksom. Obično je to bio Ivanov ispovjednik, p. Vrbanek, koji mu je davao godišnje duhovne vježbe. Za vrijeme tih zagrebačkih duhovnih vježbi bl. Ivan je pisao bilješke koje su nam se sve do danas sačuvale. One su nam dragocjeni izvor informacija iz kojih možemo vidjeti i slijediti Ivanov postupni uspon prema svetosti. Za vrijeme duhovnih vježbi Ivan je činio i odluke koje je na kraju razmatranja zapisivao.
Odluke bl. Ivana iz duhovnih vježbi od 27. do 29.3.1926.
Subota, 8h
Gospod nas je stvorio da ga hvalimo. To je prvo. Anđeli ga bez prestanka hvale, sva priroda ga hvali. I mi ga moramo hvaliti. Sve drugo je sporedno. To je cilj zbog kojeg nas je stvorio, inače nas ne bi stvorio. To je zašto nas bez prestanka u životu uzdržava.
Popraviti: Hvaliti Gospoda zbog sjaja kojim se očituje u prirodi. O tome misliti, govoriti. Hvaliti ga zbog dobročinstva, sv. Crkve, svetaca, Presv. Euharistije. Poticati Hrvatski orlovski savez da i on hvali Gospoda i svi njegovi članovi. Savez zbog članstva, a ne obratno; stvoriti preduvjete da članstvo može izvršiti svoj životni zadatak: hvaliti Gospoda.
Nedjelja, 8h
Na smrtnoj bi postelji želio da sam svagdje bio odaslanik Velikoga Kralja, tj. uvijek u prisutnosti Božjoj, svjestan da je hvala, čast i služba Božja jedino važno, a sve ostalo je taština. I ako sam u svojoj svojevoljnoj zaposlenosti bio rastresen, mrk, zaboravljajući na svrhu svoga rada (odlučujem):
Odluka: sav rad mora ići bez žurbe, sve u tempu i s ritmikom.
- U odlučeno vrijeme naglo iz kreveta skočiti (bolje kasnije odrediti, negoli ne ustati naglo).
- Prije razmatranja točno odrediti vrijeme (trajanje); bez žurbe!
- Hod po ulici redovito umjerenim tempom, oči preda se; misli se bave jutarnjim razmatranjem.
- U zbornici raditi samo najnužnije poslove, ostalo vrijeme govoriti s drugim profesorima, da zavole Krista.
- U razred ući polako, sabran, znajući unaprijed koju materiju valja proći.
- Bez velike nužde ne propustiti u određeni čas podnevno ispitivanje savjesti.
- Redovito treba 5 minuta da traje. Zatim Anđeo Gospodnji.
- S roditeljima sabrano govoriti; osobito s Majkom.
- Ne žuriti s onima koje podučavam.
- Večernje ispitivanje savjesti redovito 5 minuta.
Nedjelja, 17 h
Ratujući pod vodstvom raspetoga Kralja moram do konca života biti razapinjan. Zaručnica Isusova je kroz sve vjekove pribijena na križ; i ja moram biti dionikom te slavne sličnosti. Život bez križa – udoban – morao bi za mene biti najvećom sramotom. Stoga moram biti sretan i smatrati kao normalno stanje vojnika Isusova – a ne mrmljati kao do sada – teške staleške dužnosti, koje priječe dostatni privatni studij i rad.
Odluka: Savjesno obavljati staleške dužnosti i to smatrati za križ svojega života; za svoje dnevno razapinjanje, koje donosi blagoslova u radu za spasavanje duša u Katoličkoj Akciji.
Ponedjeljak, 8h
Spasitelj je u Nazaretu sve do 30. godine radio i posve tehničke poslove. Bio je tesar. Taj je posao mogao i netko drugi obavljati. On nije došao na svijet da bude tesar, a ipak je radio taj posao, skoro cijeli svoj život.
PODUKA ZA MENE: SPASITELJ MI DAJE PRIMJER DA SE MORAM PODVRĆI POSVE TEHNIČKIM POSLOVIMA; ONIMA, KOJE BI NA MOME MJESTU MOGAO I DRUGI, MOŽDA JOŠ MNOGO BOLJE DA OBAVI (ŠKOLA). ODRICANJE SVOJE INDIVIDUALNOSTI I VRŠITI SLUŽBU I U ONOME ŠTO NE ODGOVARA SPECIFIČNOM INDIVIDUALITETU POTREBNO JE DA SVLADAM VLASTITU VOLJU – SUPERBIAM VITAE. STOGA S RADOŠĆU MORAM I DALJE NOSITI KRIŽ SVOJIH STALEŠKIH DUŽNOSTI, DA S TIME ZARAĐUJEM KRUH. OVO VRŠENJE VOLJE OČEVE NEKA BUDE ZALOG BLAGOSLOVA U RADU KATOLIČKE AKCIJE.