Nadbiskupsku klasičnu gimnaziju završio je na zagrebačkoj Šalati, a studij teologije na Katoličkom bogoslovnom fakultetu. Za svećenika ga je u ljeto 1945. zaredio kardinal Alojzije Stepinac. Tada je njemu i drugim mladim svećenicima uputio poruku: „Šaljem vas u krvavu kupelj“. I zaista je bilo tako, no unatoč komunističkoj represiji i pokušajima atentata Kuharić je čvrsto stajao uz svoj narod. U zagrebačkoj prvostolnici 1964. posvećen je za biskupa, a papa Ivan Pavao II. 1983. imenovao ga je kardinalom.

Svoju zadaću duhovnog vođe hrvatskog naroda na najbolji mogući način obnašao je i u vrijeme demokratskih promjena početkom 90-ih. I prije  početka oružanih sukoba bio je svjestan opasnosti u kojima bi se mogla naći Hrvatska koja se stvarala tih mjeseci. Na dan kada je u Zagrebu konstituiran prvi višestranački hrvatski Sabor, 30. svibnja 1990., u svojoj propovijedi naglasio je:

„Svim vjernicima preporučam da trajno mole za mir i blagostanje domovine. Neka našu molitvu za Božji blagoslov novom Saboru i novoj vladi prati zagovor presvete Bogorodice, duhovne majke svih ljudi i nebeske kraljice svih naroda.“

Kada je počeo Domovinski rat trpio je zajedno sa svojim narodom dijeleći s njime patnje i boli kroz koje je prolazio. Protivio se osveti prema neprijatelju i zagovarao praštanje stalno ističući kako je moralno pravo svakog čovjeka da brani svoj život i svoje pravo, ali samo u granicama etičkih normi. Nerijetko je posjećivao župe i vjernike na prvoj crti bojišnice. U Petrinji, u kojoj se tada nalazilo mnogo prognanika s okupiranih dijelova Banovine, na blagdan svetog Lovre uputio je znakovitu i snažnu poruku ljubavi, mira i opraštanja:

„Ako je moj protivnik spalio moju kuću, ja neću zapaliti njegovu! Ako je razorio moju crkvu, ja neću ni dirnuti njegovu, dapače, čuvat ću je. Ako je napustio svoj dom, ja neću ni igle uzeti iz njegova. Ako je ubio moga oca, brata, sestru, ja neću vratiti istom mjerom, nego ću poštivati život njegova oca, brata, sina, sestre! To je Evanđelje, možda teško razumljivo pogaženom i poniženom čovjeku, ali to je Evanđelje zalog pobjede! To moraju biti naša načela! To moraju biti naši postupci, jer u protivnom i mi bismo bili žrtve Zmaja!“

Svoju pastirsku dužnost obnašao je i u kardinalskom zboru pape Ivana Pavla II. s kojim je često razgovarao, prenoseći mu vijesti o nedaćama koje su zatekle Hrvatsku. Upravo je papina uloga bila od nemjerljive važnosti u borbi Hrvatske za samostalnost i međunarodnu suverenost. Ivan Pavao II. tih se dana iskreno suživio s hrvatskim narodom i strahotama kroz koje je prolazio, a na molitvu za mir u Hrvatskoj pozivao je cijeli svijet.

„Kako ostati nijem pred činjenicom trajanja takvog rata, koji sije tolike smrti po dragoj hrvatskoj zemlji. Moja misao ide sada onima koji najviše pate zbog tog sukoba.“, rekao je papa Ivan Pavao II., dan prije pada Vukovara na Trgu svetog Petra u molitvi za prestanak rata i mir u Hrvatskoj.

Molitve i apeli urodili su plodom te je ranjena Hrvatska ubrzo, 1992. godine, stekla međunarodno priznanje, a Franji Kuhariću pripala je čast da kao prvi hrvatski crkveni dostojanstvenik dvije godine kasnije bude domaćin papi Ivanu Pavlu II. prilikom njegova prvog posjeta Hrvatskoj. Po završetku Domovinskog rata uključio se u obnovu razorene zemlje, posebice obnovu razrušenih sakralnih objekata. Preminuo je 2002. godine ostavivši iza sebe neizbrisiv trag u novijoj hrvatskoj povijesti.