Fra Aleksin otac Ivan Benigar (1845.-1920.) bio je profesor matematike Alojziju Stepincu na Gornjogradskoj gimnaziji u Zagrebu, a najmnađi brat fra Alekse Vladimir Benigar bio mu je školski drug u gimnaziji. Kod obrane doktorske disertacije fra Alekse Benigara na Papinskom orijentalnom institutu u Rimu, 20. lipnja 1929., bili su nazočni njegovi mlađi kolege studenti, poslije zagrebački nadbiskupi i kardinali: Alojzije Stepinac i Franjo Šeper.

Nakon doktorata, 29. kolovoza 1929., Aleksa Benigar otputovao je u Kinu u misije i nije se planirao vratiti natrag, čak je i putovnicu uništio, jer je mislio da mu neće više trebati. Na svoje odredište u Hankow stigao je brodom 8. studenoga 1929. U siječnju 1954., nakon teških tortura, jedva živ bio je protjeran iz Kine. Poglavari su ga zadržali u Rimu do smrti (1988.), gdje je imao značajnu profesorsku službu, bio je plodan pisac, traženi ispovjednik i davatelj duhovnih vježbi. Tada je on obnovio svoje jake veze koje su ga vezale sa bl. Stepincom i Šeperom. Kadinalu Šeperu je bio duhovnik još od dječačkih dana u Zagrebu, a kad su se sreli u Rimu kard. Šeper mu je na zajedničkoj fotografiji napisao posvetu „Svom duhovnom ocu patru Aleksi Benigaru OFM, Rim, 22.02.1965. Franjo Šeper, nadbiskup zagrebački“.

Na prvom izdanju knjige otac Aleksa Benigar napisao je: „Neustrašivom borcu i svjedoku vjere Alojziju Stepincu.“

Dr. otac Aleksa Benigar bio je 25 godina profesor apologetike i dogmatike, liturgike i duhovnog bogoslovlja u Regionalnom sjemeništu u Hankowu, u kojem su se spremali za svećeništvo kandidati triju apostolskih vikarijata. Među profesorima teologije došlo je do inicijative da izrade priručnike za svoje kineske studente teologije na latinskom jeziku. U tom nizu otac Aleksa je napisao i objavio dvije knjige: Liturgija Romana-Rimska liturgija u dva sveska i drugo djelo Compendium theologiae spiritualis-Prikaz duhovnog bogoslovlja. Prvo izdanje tiskano je u gradu Sapporo, u Japanu 1959.godine, a drugo prošireno izdanje, na 1328 stranica, pod skraćenim nazivom Theologia spiritualis-Duhovno bogoslovlje u Rimu 1964. godine. Oba izdanja ovoga djela autor je posvetio nadbiskupu Alojziju Stepincu. Na prvom izdanju napisao je: „Neustrašivom borcu i svjedoku vjere Alojziju Stepincu.“ Na drugom izdanju nakon smrti kardinala Stepinca napisao je: „Svete uspomene Alojziju kardinalu Stepincu herojskom branitelju vjere posvećuje autor.“

Uzajamna naklonost bl. Alojzija Stepinca i sluge Božjega Alekse Benigara vidljiva je iz riječi nadbiskupa Stepinca koji kaže: „Poznavajući već dugi niz godina oca Benigara kao čovjeka sveta života, nisam mu mogao odbiti (da mi posveti svoju knjigu Duhovno bogoslovlje, op.a.), da ne povrijedim tu uzornu redovničku ličnost. Tim više, što je njegov pokojni otac bio nekad i moj profesor u gimnaziji, a mlađi mu brat Vladimir moj školski drug kroz čitavu gimnaziju. Vežu me dakle posebne veze s njegovom obitelji, pa sam tim radije prisustvovao i njegovoj obrani disertacije na Orijentalnom institutu u Rimu prije odlaska u Kinu.“

Generalni delegat je na to ocu Aleksi Benigaru odgovorio „Te teškoće prikazuj kao dar nadbiskupu Stepincu da izdrži ovu herojsku borbu.“

U srpnju 1956. otac Aleksa Benigar prvi je put nakon odlaska u misije došao kući u Zagreb. Posjetio je kardinala Stepinca u zatočeništvu u Krašiću. S tog je sastanka poslao šest stranica službenog izviješća Državnom tajniku Svete Stolice u Vatikan. Napisao je svoja zapažanja, opisao stanje i trpljenje kardinala Stepinca, njegove kreposti i temeljne misli o svemu tome.

Otac Benigar je nadbiskupu Stepincu predao jedno malo pismo u kojem navodi kako je nastalo prvo izdanje njegova Duhovnog bogoslovlja, u vrijeme patnje Nadbiskupa Stepinca. Godine 1947. njegov mu je generalni delegat u Kini naredio da piše Duhovno bogoslovlje, a on se ispričavao da mu je to vrlo teško. Generalni delegat mu je na to odgovorio: „Te teškoće prikazuj kao dar nadbiskupu Stepincu da izdrži ovu herojsku borbu.“ Stoga je otac Benigar u posveti knjige napisao „Herojskom branitelju vjere kardinalu Stepincu.“

Kad je 1960. godine kardinal Stepinac preminuo sv. papa Ivan XXIII. predslavio je misu zadušnicu za nj u Vatikanu. Otac Benigar ju je doživio kao neku, u staro vrijeme, već beatifikaciju. Nakon nekoliko tjedana poslije toga o. Benigar je pisao svojoj braći u domovinu, poglavarima Franjevačke provincije Ćirila i Metoda (ocu Damjanu i o. Srećku Majstoroviću) da napišu svoje uspomene na preminuloga Kardinala Stepinca i da isto učine i drugi koji su ga poznavali i s njime dolazili u dodir, navodeći da će te materijale trebati za biografiju i da je u Rimu opće mišljenje da je Stepinac bio svet.

Fra Aleksa Benigar napisao je dokumentiranu knjigu o kardinalu Stepincu pod nazivom Alojzije Stepinac-hrvatski kardinal, koja je izišla u Rimu 1974. godine, a II. popravljeno i prošireno izdanje u Zagrebu 1993. godine. O toj knjizi dr. Drago Šimundža, profesor i kanonik iz Splita je napisao: „Iako je o kardinalu Stepincu mnogo pisano, poglavito u inozemstvu, ova je monografija najcjelovitiji rad o njegovu liku i djelu. Napisana je stručno i kritično na temelju dokumenata i svjedoka…
Usprkos svemu u svim se situacijama uzdiže tiha, snažna osobnost Alojzija Stepinca: seoski dječak, mladi školarac, vojnik, student, uzorni svećenik, dalekovidan nadbiskup, sveti kardinal, uzor karaktera, vjere i morala. Pred čitateljem se pojavljuje kompletna ličnost u svoj svojoj moralnosti: čovjek i svećenik, rodoljub, aktivist i kontemplativac, apostol riječi, narodni tribun, učitelj vjere, obnovitelj klera, promišljatelj Krista, pobornik Katoličke akcije, socijalni dobrotvor, zaštitnik ugroženih, branitelj istine i ćudoređa, zastupnik ljudskih prava i crkvene neovisnosti, slobodne savjesti, narodne samostalnosti, povijesni putokaz i simbol.“ (M. M. Vekić, Put svetosti fra Alekse Benigara, Zgb, 2018.).

Znamo da je naš blaženi Alojzije Viktor Stepinac bio mučenik i čovjek sveta života, a to isto možemo reći i za slugu Božjega fra Aleksu Benigara. Bio je u zatvoru u Kini, preživio poplavu i izgon iz Kine

Značajan je rad oca Benigara za Kongregaciju za blaženike i svete. Kao vrstan teolog dobivao je na prosudbu, nekad i više desetaka svezaka, pojedine kandidate da na kraju dade svoj sud o prikladnosti za njihov postupak. Napisao je preko 20 prosudbi koje se čuvaju na Kongregaciji. Znademo za četiri kauze: za oca Vendelina Vošnjaka, za oca Gabrijela Allegru, za papu Ivana XXIII. i za Alojzija Stepinca.

Znamo da je naš blaženi Alojzije Viktor Stepinac bio mučenik i čovjek sveta života, a to isto možemo reći i za slugu Božjega fra Aleksu Benigara. Bio je u zatvoru u Kini, preživio poplavu i izgon iz Kine. Pokojni prof. fra Bonaventura Duda (1924.-2017.) opisao ga je riječima: „Bio je čovjek, franjevac, svećenik i misionar dubokoga duhovnog života, pun apostolskoga žara, spreman na svaku žrtvu, pa i na mučeništvo. Bio je izvrstan učitelj teologije i požrtvovan i uspješan odgojitelj svećeničkih kandidata. U svom osobnom životu bio je čovjek molitve i iskren pokornik, a u odnosu s ljudima, osobito s franjevačkom braćom, njegovatelj prave druželjubivosti.“

Sluga Božji fra Aleksa Benigar bio je i vizionar. Bibličare profesora Bonaventura Dudu i prof. Jerka Fućaka (1932.-1992.) usmjeravao na biblijski studij, jer da će uskoro doći vrijeme i domovini će trebati bibličara, pa su ga oni smatrali duhovnim ocem njihove „zagrebačka“ Biblije.