Za vrijeme boravka u Hong Kongu Aleksa je primio odredbu poglavara da dođe u Rim. U njemu će kao član Franjevačkog kolegija sv. Antuna provesti posljednje veliko razdoblje svojeg života, od 1954. godine sve do svoje smrti 1988. godine.

Dana 29. lipnja 1955. preuzeo je u Kolegiju službu duhovnika mladih franjevačkih svećenika koji se nalaze na postdiplomskom studiju i tu je službu vršio sve do prosinca 1965. Njegova je zadaća bila duhovno pomagati studentima i jednom tjedno održati im teološko-asketsko predavanje. Studenti su svjedočili da je govorio jednostavno, ali „iz punine srca”, iz intimnog uvjerenja koje je plod osobnog iskustva.

Odmah po dolasku Rim započelo je njegovo neumorno ispovjedničko služenje kojemu će ostati vjeran sve do svoje smrti u 96. godini života. Osobito je mnogo ispovijedao u bazilici sv. Antuna i Lateranskoj bazilici. Mnoge redovničke zajednice u Rimu pamte ga kao vrsnog duhovnog vođu i voditelja duhovnih vježbi pa su mnogi redovnici nakon njegove smrti radosno svjedočili o njegovim krepostima i svetu životu.

Kongregacija za kauze svetih davala mu je službu cenzora spisâ slugu Božjih, ukupno u dvadesetak kauza. Svaki je put to bio niz spisa i knjiga koje je trebalo proučiti te dati kratak sadržaj i vlastiti sud da li sadrže štogod protiv vjere i ćudoređa. Bio je to velik i odgovoran posao koji zahtijeva mjesece i mjesece rada, ponekad i cijelu godinu. Nijedna se kauza ne nastavlja prije nego što dva cenzora dadu povoljan sud. Njihovi izvještaji čuvaju se u tajnosti u arhivu Kongregacije.

Aleksi je osobito bilo stalo da napreduje kauza Vendelina Vošnjaka, utemeljitelja Hrvatske franjevačke provincije sv. Ćirila i Metoda, te je poticao braću na prikupljanje dokumenata i svjedočanstava o njemu. Papa Ivan Pavao II. godine 2000. izdao je dekret o herojskim krepostima fra Vendelina čime je potvrdio da je on doista živio svetački i da može biti uzorom svima, osobito svojoj franjevačkoj subraći.

U prvim godinama boravka u Vječnome Gradu Aleksa je dovršavao svoje veliko djelo na latinskome jeziku „Theologia spiritualis – Duhovna teologija”. Započeo ga je pisati još tijekom boravka u Hankowu. Taj mu je posao bio dodijeljen kako regionalna sjemeništa u Kini ne bi morala nabavljati iz Europe udžbenike za svoje studente. Upravo je on bio izabran za taj posao jer su ga braća prepoznala kao franjevca koji živi uistinu dubokim duhovnim životom, koji o kršćanskoj mistici i askezi ne govori samo riječima nego se one daju „iščitati” iz njegova cjelokupnog života.

Kako sam Aleksa svjedoči, dok je to djelo bio pisao često je zaboravljao na objed i večeru te mu je gvardijan u svojoj susretljivosti donosio jelo u ćeliju. Tako se zadubio u djela sv. Augustina i sv. Bonaventure u samostanskoj biblioteci da nije uspijevao ni vidjeti drugu braću. Radio je čak i dok su ih njihovi protivnici mučili i uznemirivali. Dobri mu je Bog pritjecao u pomoć na tako divan način da je nakon mučenja mirno sjeo za stol i nastavio gdje je prekinuo.

U tom je djelu Aleksa na znanstveni način prikazao u čemu se sastoji umijeće svetosti na koju je pozvan svaki kršćanin. Ključ je krsna posvetna milost po kojoj Bog preuzima inicijativu, a od čovjeka traži marljivu i stalnu suradnju. Prvotna uloga pripada Bogu Ocu koji oblikuje svakog vjernika prema slici Kristovoj u Duhu Svetom, a vjernik treba odgovoriti svojom molitvom, pokorom, askezom. Ta knjiga pokazuje, kako kaže Bonaventura Duda, da je Aleksa bio izvrsnik u onome što kršćanska predaja naziva „znanošću svetaca”.

Prvo izdanje knjige objavljeno je u Sapporu u Japanu 1958. godine, a drugo u Rimu 1964. godine. Sadrži više od 1300 stranica. Svoja tumačenja Aleksa osobito temelji na autoritetu crkvenih otaca te franjevačkih teologa sv. Bonaventure i bl. Ivan Duns Škota.

Još 1947. dovršio je i objavio djelo na latinskom jeziku „Liturgia Romana” koje je također bio sastavio, iz poslušnosti svojim poglavarima, radi potreba regionalnih sjemeništa u Kini. Prikazao je svetu liturgiju, osobito slavljenje sakramenata, kao vršenje svećeničke službe Isusa Krista i sredstvo posvećivanja ljudi. Aleksi je povjereno sastavljanje tog djela jer su poglavari poznavali njegove duhovne darove i intelektualne sposobnosti.

Od osobite je važnosti Aleksina biografija kardinala Alojzija Stepinca. Mnogi su ga, osobito franjevac Karlo Balić i isusovac Stjepan Sakač, odmah nakon kardinalove smrti 1960. godine poticali da se posveti tome velikom poslu kojim će zadužiti hrvatski narod i cijelu Crkvu. Prikupljao je uz pomoć mnogih posrednika informacije o kardinalovu životu. Primio je mnogo dokumenata, a osobito je dragocjenog suradnika u prikupljanju pronašao u Vilimu Cecelji, svećeniku Zagrebačke nadbiskupije koji je nakon rata kao politički emigrant živio u Austriji. Njemu je napisao u pismu potkraj 1965.:

„Radim samo na posve sigurno dokumentiranim činjenicama. Istina, i samo čista istina nikome neće moći naškoditi.”

Aleksa Benigar devet je godina sastavljao tekst biografije. Prvo je izdanje objavljeno u Rimu godine 1974. pod naslovom: „Alojzije Stepinac, hrvatski kardinal”. Tim je djelom Aleksa dao velik doprinos njegovoj kauzi. Papa Ivan Pavao II. proglasio je kardinala Stepinca blaženim 3. listopada 1998. godine na Mariji Bistrici.

Generalni je ministar Reda Aleksu godine 1959. nagradio hodočašćem u Svetu Zemlju prigodom njegova pedesetogodišnjeg jubileja redovničkog zavjetovanja. Svoja razmišljanja na tome hodočašću Aleksa je ostavio zapisana na stranicama svojeg dnevnika. Na brdu Taboru zapisao je:

„Oblak označuje tamu vjere, ali i tamu smrti kroz koju moramo i mi proći prije negoli nam bude dano vidjeti slavu Isusovu. Svjetlo svojim sjajem i oblak svojom tamom naznačuju cilj i put k cilju, divnu i veličanstvenu vječnost kao i bolno sadašnje stanje. Naš život nije drugo već putovanje u svijetloj tami s perspektivom vječnog svjetla.”

Od ostalih Aleksinih spisa osobito su važne njegove franjevačke duhovne vježbe „Mudrost Križa” te komentari i razmatranja o četirima evanđeljima i Knjizi psalama.