Sveti Pavao je bio sin japanskog vojskovođe. Rodio se u Tsunokuniju nedaleko Kyota. Kršten je sa pet godina a obrazovao se u isusovačkom kolegiju. Pridružio se isusovačkom redu u dobi od dvadeset godina 1580. godine. Ubrzo je postao poznat kao izuzetno rječit propovjednik. Jedan od tadašnjih japanskih velikaša, daimyo Toyotomi Hideyoshi, u strahu od utjecaja stranaca i širenja kršćanstva, počeo je 1587. s žestokim progonima kršćanskih misionara i domaćih japanskih katolika. Pavao je u prosincu 1596. godine bačen u zatvor. Zajedno s drugim uhićenim kršćanima  morao je pješice prijeći oko tisuću kilometara, koliko iznosi udaljenost od Kyota do Nagasakija. Putem su trpjeli zlostavljanje, vrijeđanje i psovanje, na što su oni odgovarali slaveći Boga, moleći i pjevajući himan “Tebe, Boga, hvalimo”.

Stigavši u Nagasaki, grad u Japanu s najviše katolika, Pavao je 5. veljače 1597. godine pogubljen razapinjanjem na križ. S križa se obratio okupljenom mnoštvu, oprostivši svojim ubojicama i ispovijedajući svoju katoličku vjeru. Uz njega su razapeti i japanski isusovci Joan Soan de Gotó i Santiago Kisai te još 23 mučenika, među njima 6 franjevačkih misionara i 17 japanskih laika. Ukupno je toga dana život za Krista dalo dvadeset i šest osoba. Svi su oni razapeti na križ na brdu u okolici Nagasakija, koje su kršćani zbog toga kasnije nazvali Sveto brdo. Među pogubljenima toga dana, osim trojice isusovaca, bili su i: Franjo, drvodjelja, Joakim, kuhar kod franjevaca u Osaki i drugi. Pavla Mikija i drugove mučenike blaženima je proglasio 1627. papa Urban VIII., a svetima 1862. papa Pio IX.