Prema nepotvrđenoj predaji, osnutak franjevačkog samostana vezan je uz boravak samog sv. Franje u Zagrebu. Svetac je, prema predaji, boravio kod bogate udovice Katarine Galović na Kaptolu. Tom je prilikom blagoslovio udovičin zdenac, a na njezinu molbu je 1222. godine poslao u Zagreb dvojicu svoje braće: fra Grgura i fra Ortolsa. Njima je Katarina poklonila svoj posjed na Kaptolu gdje su sagradili samostan i crkvu. 

Vjerojatnije je, ipak, da su franjevci u Zagreb došli prije provale Tatara 1242. godine. Nakon odlaska Tatara, u drugoj polovini 13. st., izgradili su novu ranogotičku crkvu.

Kulturna baština 

Crkva i samostan sv. Franje su zaštićeno kulturno dobro. Tri samostanska krila s crkvom na sjevernoj strani zatvaraju klaustar u kojem se nalazi kip Bezgrješne Djevice Marije koji je čudom ostao neoštećen u avionskom bombardiranju 1944., kao i u potresu u ožujku 2020.

U južnom krilu samostana nalaze se dva kulturna bisera. Prvi je barokna kapela sv. Franje Asiškoga. U 24 oslikane kartuše s izraženim biljnim motivima i anđelima prikazan je život sv. Franje. U središnjem medaljonu prikazan je sv. Franjo kako od Krista prima Evanđelje.

Drugi kulturni biser je je samostansko blagovalište, jedno je od najmonumentalnijih ostvarenja baroka u Hrvatskoj. U skladu s franjevačkom tradicijom prostorija je ukrašena slikama franjevačkih svetaca, znamenitih gvardijana i provincijala, kao i slikom Blažene Djevice Marije. Na istočnom zidu blagovaonice nalazi se freska s prikazom Posljednje večere.

Samostanska crkva doživjela je mnoge promjene. Sama gotička struktura unutrašnjosti nije se puno mijenjala i u prostornom se smislu smatra jednom od najzrelijih franjevačkih sakralnih građevina srednjoeuropskoga kruga. U barokizaciji u 17. st. produžena je lađa te su sa svake strane dograđene tri kapele.

Današnji izgled crkva je dobila nakon potresa 1880. godine. Najteže je stradala njezina sjeverna strana, a jako su popucali i zapadni zidovi s glavnim pročeljem. Temeljita obnova započela je 1884. Dok je samostan obnavljan u izvornom baroknom stilu, obnova crkve povjerena je Hermannu Bolléu. Bollé je želio u zatečenom barokiziranom stanju istraži originalni srednjovjekovni gotički sloj te ga istaknuti i po cijenu izbacivanja postojeće opreme. Tako od baroknog namještaja nije ostalo gotovo ništa. Stari oltari, propovjedaonica, križni put, klupe… zamijenjeni su historicističkom opremom. Ostala je sačuvana samo slika Žalosne Gospe pred kojom je često molio Eugen Kvaternik.

Foto: Bernard Čović/ Glas Koncila

U obnovi je sudjelovao i stolar brat franjevac Kajetan Kuhanac koji je izrezbario i oblikovao novi glavni oltar sv. Franje i ambon. Oltar je izradio od čista jelovoga drveta i ukrasio ga brojnom ornamentikom u stilu kasne gotike. Na vrhu oltarnog retabla nalazio se kip Bezgrješne Djevice, zaštitnice Franjevačkog reda. U sredini je bila oltarna slika sv. Franje u molitvi koju je fra Celestin Medović dovršio 1901. Sa strane su se nalazili kipovi zaštitnika nove Provincije sv. Ćirila i Metoda te sv. Bonaventure, sv. Elizabete Ugarske i sv. Ljudevita kralja. Slikar Marko Pero novom gotičkom svodu dao je izgled tamnoplavog neba posutog zvijezdama.

Kasnije, 1920. na desnom zidu svetišta naslikane su dvije freske, a u pokrajnjoj kapeli sv. Antuna još jedna. Izidor Kršnjavi izradio je fresku „Sv. Franjo propovijeda pticama“, Oto Antonini „Sv. Franjo dobiva porcijunkulski oprost“, a Marko Rašica „Sv. Antun propovijeda ribama“. Tri godine kasnije redovnik P. Blasius Farčnik je u pokrajnjim kapelama naslikao freske „Sv. Margareta sa srcem Isusovim“ i „Stigmatizacija sv. Franje“. Te su freske jedine preostale od oslika unutrašnjosti nakon što je crkva prebijeljena vapnom kada su sanirana oštećenja od bombardiranja 1944. godine. Godine 1960. Ivo Dulčić je izradio nove vitraje na kojima je prikazao „Pjesmu stvorova“.

Franjevački samostan i Zagrebačka Biblija

Prolaznicima uz franjevački samostan na Kaptolu pažnju može privući spomenik „Zagrebačka Biblija“. Naime, u tom je samostanu napravljen prvi suvremeni cjeloviti prijevod Svetoga pisma koji je tiskan na hrvatskom tlu. Rad na prijevodu „Zagrebačke Biblije“ okupio je mnoge hrvatske bibličare, književnike i jezikoslovce. Glavni urednici prijevoda bili su fra Bonaventura Duda i Jure Kaštelan, a urednici fra Jerko Fučak i Josip Tabak. Rad su započeli oko Bogojavljenja 1967., a završili su ga u rekordnom roku u franjevačkom samostanu na blagdan Majke Božje Trsatske 1968. godine.

Kao što je poznata francuska „Jeruzalemska Biblija“ dobila svoj naziv po gradu u kojem je nastao njezin prijevod, premda su u njemu sudjelovali bibličari iz različitih dijelova svijeta, tako je i hrvatski prijevod iz 1968. dobio naziv „Zagrebačka Biblija“. Spomenik Bibliji otkrio je fra Bonaventura Duda o proslavi svojega dijamantnog svećeničkog jubileja 9. siječnja 2010. Spomenik prikazuje Bibliju kao otvorenu knjigu, a na njezinoj stranici nalazi se redak Psalma 119: „Tvoja riječ nozi je mojoj svjetiljka i svjetlo mojoj stazi.“ 

Autor spomenika je akademski kipar Ante Jurkić, a izliven je u Ljevaonici umjetnina Akademije likovnih umjetnosti u Zagrebu.

Samostan sv. Franje ima i vrijedan arhiv te knjižnicu s približno 20 tisuća teoloških naslova. Među njima je 1000 raritetnih primjeraka,  a najstarije knjige potječu iz 14. i 15. st..

Oštećenja crkve i samostana u potresima

U potresu 22. ožujka 2020. crkva i samostan teško su oštećeni te su neuporabljivi. Sa stropa crkve otpali su veliki komadi žbuke te su vidno napukla brojna tanka rebra koja pridržavaju svodove. Oštećenja je pretrpio i svod iznad kora. Na ulaznom pročelju crkve oštećena je rozeta, a veliki komad reljefa u zabatu odlomio se i raspao u unutrašnjosti. Teško je stradao i zvonik čiji se gornji dio izmaknuo te se blago nagnuo na južnu stranu.

Samostan je teško oštećen, posebno katovi, i statički je vrlo nesiguran. U popucalim zidovima na nekoliko mjesta nastali su i otvori. U blagovalištu je osim tanjih pukotina, otpalo nekoliko dijelova freski. Prosinački potres nije prouzročio novu značajniju štetu, iako je dodatno oštećen zabat na ulaznom pročelju.