Završio je odličnim uspjehom ondašnju čuvenu isusovačku klasičnu gimnaziju u Travniku. Teologiju je studirao u Sarajevu od 1921. do 1925. godine. Zaređen je za svećenika 5. travnja 1925. godine. Mladu misu je slavio u svom Docu 26. travnja 1925. godine. Subđakon mu je bio kolega sa studija bogoslovije don Radovan Jerković (1900.-1950.), koji je umro mučeničkom smrću u Udbinom zatvoru u Splitu (Don Radovan Jerković, život i djelo, str. 15). 

Kao mlad svećenik aktivno je radio u Katoličkoj akciji, gdje je surađivao s bl. Ivanom Merzom. Bio je prefekt đačkoga konvikta »Kralj Tomislav« u Sarajevu, te član centralne uprave Hrvatskog kulturnog društva “Napredak” u Sarajevu. Više godine bio je glavni urednik “Katoličkog tjednika” (od 1928. do 1933. godine) i ”Vrhbosnu” (od 1973. do 1976. godine), objavljujući u njima vlastite priloge i službene dopise. Imao je izvrstan  jezik i stil. Bio je prožet idejama Papinskih socijalnih enciklika i misijskim idejama Crkve. 

 Sudjelovao je u radu Drugoga vatikanskog koncila od 1962. do 1965. godine. Zaslužan je za ponovno otvaranje Vrhbosanskog bogoslovnog sjemeništa 1969. godine, a 1972. godine morao je otkupiti od tadašnjih vlasti oduzeti im dio zgrade Bogoslovije. Ponovno je pokrenuo službeno glasilo “Vrhbosna”, otvorio Misijsku središnjicu u Sarajevu te pokrenuo glasilo “Vrelo Života”. 

Kao mlad svećenik bio je upravitelj župe Jelaške kraj Olova (1926. godine). Zatim je poslan na postdiplomski studij na Gregorianu u Rim, gdje je doktorirau 1928. godine. Nakon postignutog doktorata vraća se iz Rima u domovinu i biva imenovan katehetom u Sarajevu, na kojoj službi ostaje do 1933. Zatim je imenovan župnikom u Bosanskom Brodu, gdje ga 1939. godine zatječe imenovanje pomoćnim vrhbosanskim biskupom. Dana 6. kolovoza 1939.  u sarajevskoj katedrali posvećen je za biskupa. 

Nakon godinu dana, točnije 18. kolovoza 1940., premješten je u Skoplje za rezidencijalnog skopsko-prizrenskog biskupa, gdje ostaje sve do 1967.godine.  Tu je počela njegova kalvarija. Komunistička vlast ga je progonila. U prvim danima rata 1941. godine od bombardiranja biva teško ranjen i ostaje bez svega. Teritorij skopske biskupije (Makedonija, Crna Gora, Sandžak) raspao se u pet političkih djelova, pod raznim upravama. Za svoju biskupiju se očinski brinuo. Čitavo se vrijeme rata nije micao iz svoje biskupije, već je uz nadljudske napore  i nesavladive teškoće obilazio župe svoje biskupije-misijske dijaspore.

 U Skoplju je u vrijeme rata branio sve ugrožene, već na prvoj propovijedi propovijedao je o pravdi prema svim ljudima bez obzira na to kojoj narodnosti ili rasi ljudi pripadali. Pisao je i policijskom načelniku da zaštiti Židove, koji su tada bili progonjeni od nacista, gdje je protužidovske akcije nazvao bolnom pojavom. Nastojao je pomoći makedonskim Židovima koje su nacisti deportirali u logore iz kojih se nikada više nisu vratili. Pošto im nije mogao pomoći zaštitio je, sakrio je njihovu djecu, četiri dječaka i jednu djevojčicu, kod časnih sestara i brinuo se o njihovom uzdržavanju. 

I tjeskobno poratno vrijeme bilo je za biskupa Čekadu ispunjeno nesigurnošću, siromaštvom i velikim žrtvama, osobito kada je uz skoptsku biskupiju  od 1946. do 1950. vršio i službu administratora Banjalučke biskupije, koja je poslije rata ostala bez trećine vjernika i gdje su mnoge župe gotovo nestale. Naime, biskup Garić je zbog liječenja u proljeće 1945. morao napustiti biskupiju, godinu dana nakon toga je umro u Grazu, pa je Sveta Stolica odmah nakon njegove smrti povjerila biskupu Čekadi upravu i Banjolučke biskupije. Bilo je to 8. srpnja 1946. godine. Biskupu Čekadi je bilo teško upravljati s tolike udaljenosti pa je dolazio dva puta godišnje u Banja Luku i tu ostajao po dva mjeseca kako bi obavio najnužnije poslove: pohađao župe i dijelio sakrament potvrde. Ti dolasci biskupa Čekade bili su trn u oku komunističkim vlastima pa su ga dva puta protjerali iz Banja Luke.  Drugi put su mu naredili da za 24 sata napusti Bosnu i Hercegovinu i da se više nikad u nju ne vrati. Stoga je biskup Čekada imenovao svojim delegatom mons. Božu Ivaniša, koji je bio generalni vikar u doba biskupa Garića, a kancelarom fra Mirona Kozinovića. Oni su praktički vodili poslove biskupije i o tome ga izvještavali. Bilo je to vrlo teško vrijeme kada je trebalo nekako nadoknaditi ubijene i prognane svećenike kao i one koji su izdržavali višegodišnje zatvorske kazne i najbolje što se može  pastorizirati svoje vjernike (dijeliti svete sakramente). 

U to vrijeme u  Bosni i Hercegovini nije bilo ni jednoga biskupa koji bi vršio svoju dužnost: vrhbosanski nadbiskup dr. Ivan Šarić je bio u egzilu, mostarski biskup dr. Petar Čule u zatvoru, a biskupska je stolica u Banjoj Luci bila ispražnjena. Komunističke ondašnje vlasti osnovale su staleško svećeničko udruženja “Dobri Pastir”, u koji su se već bili učlanili neki franjevci, pa su na taj način namjeravale stvoriti Crkvu podložnu njihovoj kontroli, neovisnu od Svete Stolice. Stoga im je jako smetao požrtvovni rad biskupa Smiljana Čekade.

Biskup Čekada je uz velike žrtve i osobna poniženja s ispruženom rukom skoro čitavu skopsko-prizrensku biskupiju materijalno obnovio: sagradio mnoge crkve, župske stanove i samostane. Više od dvadeset svećenika albanske narodnosti plod su rada, molitve i žrtve biskupa Čekade koji je bosonog hodočastio u Letnicu moleći za svećenička zvanja.

Poslije katastrofalnog potresa u Skoplju 1963. godine biskup Čekada po drugi put ostao bez svega: katedrala i rezidencija i sve je bilo uništeno. On se preselio u Uroševac, gdje je ostao do svoga preseljenja u Bosnu. Za to vrijeme uspio je biskupiji osigurati lokaciju za novu katedralu i biskupsku rezidenciju u Skoplju. Osigurao joj je gotova sva sredstva za gradnju i blagoslovio joj kamen temeljac ali za života je nije uspio vidjeti. Mnogo je pretrpio i od pojedinih duhovnih osoba, ali on je sve to ustrajno trpio i svima je opraštao. Bio je govornik velikoga stila. Njegove propovijedi su znale uzdizati i ohrabriti mase vjernika. Bio je molitelj uronjen u Krista. Neustrašiv i vjeran Kristov svjedok. 

Nakon što je sveti otac papa Pavao VI. godine 1967. vratio biskupa Čekadu u njegovu rodnu Bosnu imenovao ga je vrhbosanskim pomoćnim biskupom s pravom nasljedstva i apostolskim administratorom Biskupije. Upravu Vrhbosanske nadbiskupije preuzeo je 1970. godine i postao metropolita bosansko-hercegovačke crkvene pokrajine. Biskup Čekada je mnogo napravio za sarajevsku Nadbiskupiju. Između ostaloga sagradio je Svećenički dom za starije svećenike. Kao predsjednik vijeća za misije pri Biskupskoj konferenciji Jugoslavije učinio je mnogo da se misijska ideja razvila u crkvenom životu.

 Preminuo je 18. siječnja 1976. u sarajevskoj bolnici izgovarajući  riječi: ”Idem u susret Gospodinu, i  da znate kako se tom susretu radujem.” Nakon smrti i velebnog sprovoda 21. siječnja 1976. po vlastitoj želji bio je  pokopan u obiteljskoj grobnici na sarajevskom gradskom groblju Bare. Ispratilo ga je 16 biskupa, oko 450 svećenika, 100 časnih sestara i mnoštvo ostalih vjernika među kojima su bili pravoslavni svećenici, predstavnici islamske zajednice s reis ul Ulemom na čelu, šesteročlana službena državna delegacija na čelu s potpredsjednikom Republike. Sve ih je mrtvi biskup Čekada okupio snagom svoje ličnosti, iskrenim ekumenskim nastojanjima i spremnošću na dijalog.

Sluga Božji kard. Franjo Kuharić je na njegovom sprovodu rekao: “Duboko je proživljavo u svojoj savjesti sve dosege  i odgovornosti biskupske službe u vrijeme strašnoga rata; u tjeskobno poratno vrijeme; kroz sve vrijeme zasjedanja Drugoga vatikanskog sabora; u pokoncilskom pak razdoblju lučio je dobro što jamči  nade i što prijeti istini.

Svojom jasnom dušom i čistom vjerom prosuđivao je nejasne ljudske misli i nije dopuštao ni u kojem smislu ni zatajivanje ni izdaju istine. Nepokolebljivo je nosio u savjesti obavezu da onim što je u Crkvi i po Crkvi primio time Crkvu rasvjetljuje, brani i vodi sigurnim putem istine. Stoga je u načelima bio jasan i odlučan, a u ljudskim susretima strpljiv, obziran i pažljiv.”

Zemni ostatci su mu, nakon obnove katedrale, 28. listopada 2011. preneseni u sarajevsku katedralu Presvetoga Srca Isusova. Godine 2011. dobio je i posmrtno priznanje-medalju “Pravednik među narodima” za zasluge što je po cijenu svoga života za vrijeme Drugoga svjetskoga rata spašavao Židove.

Zahvaljujemo uzoritom nadbiskupu Smiljanu Franji Čekadi na uzornom životu i djelu i očekujemo, ako dragi Bog da, njegovo uzdignuće na oltar da nam bude svijetli primjer i pomoć na putu našega života.