Ovo mjesto u zadarskom zaleđu ostalo je zapamćeno u tužnom sjećanju po ratnom zločinu  nad civilnim stanovništvom koje je izvršeno 18. i 19. studenog 1991. godine. Nakon što je oslobođena početkom 1993. godine u oslobodilačkoj operaciji „Maslenica“, okruženu Škabrnju su branili pripadnici IX. bojne HOS-a “Rafael Vitez Boban” iz sastava 114. brigade HV-a. Škabrnja sama po sebi nije imala neki važan strateški značaj, ni za Hrvate, ni za Srbe – ona je bila nešto mnogo više. Držati Škabrnju za Hrvate je značilo čuvati u svojim rukama simbol stradanja Hrvata u Dalmaciji, dok je Srbima bio imperativ ponovno osvojiti Škabrnju te tako poniziti i demoralizirati hrvatsku vojsku. Nakon što nisu povratili ključne ciljeve, Kašić, a zatim i Novigrad, srpskoj vojsci trebao je barem jedan ratni uspjeh, te su silno navalili na Škabrnju.

Selo dugo čak šest kilometara branila je nekolicina pripadnika IX. bojne HOS-a na čelu sa zapovjednikom Markom Skejom. Takvo stanje trajalo je 43 dana. Najelitnije paravojne jedinice srpske vojske napadale su Škabrnju, a među njima najviše su se isticale “Alfe” Kapetana Dragana, “Vukovi s Vučjaka” i Arkanovi “Tigrovi”. Puno je hrabrih boraca branilo Škabrnju, a u najveću legendu ušao je zasigurno Thomas Crowley “Irac”, legionar obučen za postavljanje raznoraznih mina, izvođenje diverzija i postavljanje zamki koje su često bile kobne za „dobrovoljačke“ odrede.

Kako su dani prolazili pripadnici bojne HOS-a bili su sve više psihički i fizički iscrpljeni i nije bilo realno za očekivati da bi sami mogli zadržati Škabrnju. Zapovjednik HOS-ovaca, Marko Skejo zatražio je od zapovjedništva u Zadru da njegovi borci odu na odmor barem tjedan dana, odgovora nije bilo, a u ispomoć su im dolazili tek rijetki. Nakon 43 dana napokon su HOS-ovci otišli na zasluženi odmor, a 6 dana kasnije Škabrnja je pala u akciji srpske vojske kodnog naziva “Kameleon”. Zapovjednik 7. domobranske pukovnije Danijel Kotlar u knjizi „Operacija Maslenica – sjećanja sudionika“ prisjetio se tih borbi za Škabrnju:

„Neprijatelji su tada procijenili da bi mogli tu polučiti uspjeh, došli su, izvukli su tenkove, pokrivali su to minobacačkom vatrom, pokrivali su ta dva-tri punkta s tenkovima, znači protuzrakoplovnim strojnicama, bio je onemogućen pristup naših snaga. Jednostavno, odabrali su idealnu poziciju. I u tim borbama mi smo izgubili četiri vojnika, a četiri su bila zarobljena. Imali smo negdje oko 10-ak ranjenih momaka, međutim Škabrnja nije tada pala. Od tog trenutka mi smo preko noći izvršili smjenu postrojbi, ubacili smo svježe snage unutra, držali smo Škabrnju jedan dan, izvukli naše mrtve, izvukli i one ranjene koji su se bili tu sklonili. Ti dečki su aktivno držali crtu, borili se dva dana.

Nakon toga dolazi ponovno do smjene: izvlače se stare, uvode se svježe snage. Došle su postrojbe satnije osiguranja Zrakoplovne baze Zemunik, dakle jedna satnija, momci koji, eto, isto nisu bili vojnički spremni za tu zadaću, iako su srcem i željom oni bili spremni ući u Škabrnju, zauzeti položaje, braniti. Oni su držali to jedan dan. Opet su imali žestoke napade po izboru kapetana Dragana i njegovih specijalnih postrojbi. Imali su strašne žrtve momci, imali su šest poginulih branitelja, međutim ni tada nije Škabrnja bila u rukama neprijatelja, nije donesena odluka o izvlačenju. Znači i tada smo mi dijelove Škabrnje držali. Međutim, vidjelo se da ukoliko se ne želi krenuti naprijed, ukoliko se s jačim snagama ne kreće u ovladavanje dominantnih kota da bi se Škabrnja stavila u povoljniji položaj, to nema smisla. Donesena je odluka da se naše snage izvuku jer s ovim načinom ratovanja i s ovim postrojbama, mi bi imali svakodnevne žrtve, svakodnevne. Bilo je upitno da li tih kilometar i po eto samoga naselja koje je dugo preko četiri i po kilometra, da li to vrijedi takvih žrtava da držimo ili Škabrnju treba napustiti. Dakle, sam događaj u Škabrnji nije bio taj koji je opteretio 7. domobransku pukovniju kao postrojbu, da je ona neki krivac za pad Škabrnje.

Dapače, vrlo je jasno bilo da ni druge postrojbe to nisu mogle vratiti ni držati. Jednostavno je donesena odluka da se taj jedan mali prostor privremeno napusti i tako je i bilo. Na kraju, vojnom operacijom „Oluja“ taj prostor je oslobođen upravo od, eto, baš od 7. domobranske pukovnije. Ti napadi trajali su do 22. ožujka. Znači, u tih četiri dana bilo je 10 poginulih vojnika i četiri zarobljena koji su poslije u razmjeni vraćeni. I bilo je preko 30, konkretno 35 ranjenih vojnika.“