Francesco de Yepes, subrat sv. Ivana od Križa, nakon svečeve smrti ispričao je epizodu iz njegova života, o čemu pišu na svojim stranicama talijanski karmelićani Karmela Quart.

Dok je sv. Ivan bio prior u Segoviji, u samostanskoj crkvi je izložio sliku Raspetog Isusa. Tada mu se učini da čuje glas koji mu kaže: “Traži me što želiš za ono što si učinio.” Ivan odgovori: “Gospodine, trpjeti i biti prezren zbog ljubavi Tvoje!”

U lipnju 1591. u Madridu su se superirori i predstavnici terezijanskog Karmela okupili kako bi obnovili svoje službe. Na tom generalnom kapitulu sveti Ivan nije izabran ni u jednu službu superiora. Umjesto toga, poslan je u samostan La Peñuela u Andaluziji.

Zbog čudne infekcije desne noge, tada je bio prisiljen prijeći u samostan u Úbedi gdje je prior, zbog nekih prošlih nesporazuma, bio protiv njega. Sveti je Ivan s ljubavlju i predanjem podnosio bezdušnost i lošu brigu koju je nadređeni pokazivao za njegovo vrlo ugroženo zdravlje. No svojom poniznošću i poslušnošću na kraju je obratio srce priora koji je prije svečeve smrti priznao svoje pogreške i zatražio oprost.

U ponoć 14. prosinca 1591. godine, samostansko zvono pozivalo je braću na Jutarnju. Ivan se nasmiješio braći koja su odlazila uzvikujući: “Ja idem pjevati je u nebu!”. Ubrzo nakon toga otac obnovljenog Karmela umro je u 49. godini života.

“Plamen koji sagorjeva, ali ne zadaje muku” – tako u 39. retku “Duhovnog spjeva” sv. Ivan od Križa opisuje raj, gdje je čovjek, sada preobražen Božjim milosrđem, sličan Njemu, obavijen i sudjeluje u Ljubavi koju božanske Osobe međusobno razmjenjuju. Taj Plamen Ljubavi koji je na nebu kao i na zemlji Osoba, Duh Sveti, više nije tegoban: čovjek je sada sav postao Ljubav, poput Boga koji je Ljubav.